Entre los objetivos de la Agencia Canaria de Protección del Medio Natural está la comprobación, mediante la práctica de las actuaciones de inspección e instrucción pertinentes, de la legalidad de cualquier acto y actividad, privada o pública, de ocupación, transformación o uso del suelo rústico o que afecte a cualquiera de los restantes recursos naturales, así como también de los actos dictados por las administraciones en ejecución o aplicación de la Ley del Suelo y de los Espacios Naturales Protegidos de Canarias, especialmente de los que autoricen la realización de actos de construcción, edificación o uso del suelo.
Corresponde asimismo a la Agencia Canaria de Protección del Medio Natural la incoación, instrucción y resolución de procedimientos sancionadores autonómicos por la comisión de infracciones en materia de costas, patrimonio natural y biodiversidad, residuos, conservación de la fauna silvestre en los parques zoológicos, organismos modificados genéticamente, observación de cetáceos, suelos contaminados, prevención y control integrados de la contaminación, actividades potencialmente contaminadoras de la atmósfera, comercio de derechos de emisión de gases de efecto invernadero, y responsabilidad medioambiental,así como la inspección autonómica ordinaria vinculada a tales procedimientos, sin perjuicio de las funciones de control y seguimiento, así como de apoyo a la Agencia en la inspección especializada, que correspondan a la Consejería competente en materia de medio ambiente.