• Composición del Consejo. El Consejo es el órgano colegiado de dirección de la Agencia y de control de la gestión del Director Ejecutivo. El Consejo estará formado por siete miembros de la Administración de la Comunidad Autónoma, siete miembros de los Ayuntamientos y siete miembros de los Cabildos. La representación deberá recaer necesariamente en miembros de la Asamblea. La Presidencia del Consejo recaerá en el Presidente de la Asamblea. El/la  Director/a Ejecutivo/a de la Agencia asistirá a todas las reuniones del Consejo con voz pero sin voto. La Secretaría del Consejo será desempeñada por un funcionario perteneciente al Grupo A, adscrito a la Agencia.

Miembros actuales del Consejo: 

nombramientos de la Comunidad Autónoma; nombramientos de la Federación Canaria de Municipios.

• Competencias. Son funciones del Consejo: Dar instrucciones a la Dirección Ejecutiva de la Agencia, para el mejor cumplimiento de sus funciones. Proponer a la Asamblea las modificaciones de los Estatutos de la Agencia y la propuesta de presupuesto de la Agencia, así como sus modificaciones. Aprobar los proyectos de convenios de adhesión que se suscriban. Informar todos los demás asuntos que le proponga la Asamblea o el/la  Director/a Ejecutivo/a en materia de su competencia. Controlar la gestión del Director Ejecutivo. Las atribuciones que la Asamblea le delegue. En el ejercicio de estas funciones, el Consejo podrá recabar del Director Ejecutivo cualquier información que exista en la Agencia, así como instarle para la elaboración de la documentación que sea relevante para el desarrollo de sus funciones.
• Funcionamiento.El Consejo se reunirá al menos una vez cada tres meses por convocatoria de su Presidente, bien a propia iniciativa o a propuesta de un tercio de los miembros del Consejo.